ปุ๋ยอินทรีย์ คือ ปุ๋ยคอก ปุ๋ยหมัก ปุ๋ยพืชสด รวมทั้งการไถกลบตอซัง / เศษพืช
ข้อดี
เกิดการปรับสภาพโครงสร้างของดินให้ดีขึ้น ดินร่วนซุย ทำให้จุลินทรีย์ที่มีในดินประโยชน์มากขึ้น มีชนิดของธาตุอาหารสมบูรณ์ครบถ้วน
ข้อด้อย
มีปริมาณธาตุอาหารหลักน้อย ต้องใช้ในปริมาณมากจึงจะเห็นผลได้อย่างชัดเจน ส่งผลให้ต้องเสียค่าใช้จ่าย และแรงงานในการใช้ปุ๋ยมาก
ปุ๋ยเคมี เช่น ปุ๋ยเดี่ยว/แม่ปุ๋ย และปุ๋ยสูตรต่างๆ
ข้อดี
ให้ธาตุอาหารหลักสูง ละลายน้ำได้ดี ส่งผลให้พืชดูดซึมใช้ได้เร็ว ทันเวลา นอกจากนี้ยังสามารถกำหนดชนิด และปริมาณของธาตุอาหารที่ต้องการได้
ข้อด้อย
ไม่ช่วยปรับปรุงสมบัติทางกายภาพ เคมี และชีวภาพของดิน เกิดปัญหาดินเสื่อมสภาพ ดินเปรี้ยว จับตัวกันแน่นไม่ร่วนซุย ไม่มีสิ่งมีชีวิตน้อยใหญ่ในดินอาศัยอยู่ และต้องนำเข้าปุ๋ยเคมีจากต่างประเทศ
ปุ๋ยชีวภาพ เช่น เชื้อไรโซเบียม เชื้อแฟรงเคีย สาหร่ายสีเขียวแกมน้ำเงิน เชื้ออะโซโตแบคเตอร์ ไมคอร์ไรซา ปุ๋ยชีวภาพ พด.12 (จุลินทรีย์)
ข้อดี
สามารถสร้างธาตุอาหารได้เอง และช่วยให้ธาตุอาหารเป็นประโยชน์กับพืชได้มากยิ่งขึ้น มีคุณสมบัติในการตรึงธาตุอาหารบางอย่างไว้ให้พืช นอกจากนี้ยังสร้างและปลดปล่อยธาตุอาหารให้แก่พืชได้อย่างต่อเนื่อง อีกทั้งยังใช้ในปริมาณที่น้อยกว่าปุ๋ยอินทรีย์และปุ๋ยเคมี
ข้อด้อย
บางชนิดมีความยุ่งยากในการผลิต/ขยายเชื้อหรือการใช้ ผลิต/สร้างธาตุอาหารได้ปริมาณน้อย การเก็บเชื้อจุลินทรีย์หรือปุ๋ยชีวภาพบางชนิดต้องเก็บรักษาเป็นพิเศษ และมักเก็บไว้ไม่ได้นาน