ปุ๋ยคอกจัดเป็นปุ๋ยที่อยู่ในประเภทของปุ๋ยอินทรีย์ โดยได้จากมูลสัตว์เลี้ยงซึ่งถือเป็นปุ๋ยธรรมชาติที่มีธาตุอาหารหลัก (N P และ K) โดยตรงมากกว่าวัตถุดิบธรรมชาติชนิดอื่น โดยมูลสัตว์แต่ละชนิดจะมีปริมาณความเข้มข้นของธาตุอาหารหลักแตกต่างกัน ดังนั้น หลักในการพิจารณาเลือกใช้ปุ๋ยคอกจึงจำเป็นต้องอาศัยปัจจัยหลัก 2 ข้อ คือ
1. ชนิดพืชที่ต้องการเพาะปลูก
2. สภาพของดินที่ใช้ปลูก
ถ้าสภาพของดินขาดธาตุอาหารหลักตัวใด เราอาจเลือกใช้มูลสัตว์ที่มีธาตุหลักนั้นในปริมาณสูง และพืชที่เราปลูกมีความต้องการธาตุตัวใดมาก ก็สามารถพิจารณาเลือกมูลสัตว์ที่เหมาะสมมาใช้ให้เหมาะสมกับความต้องการ
ปุ๋ยคอกมูลสัตว์เปรียบเสมือนปุ๋ยหมักชีวภาพแบบสำเร็จรูป เนื่องจากมูลสัตว์ก็คืออาหารนานาชนิดที่สัตว์กินเข้าไป จากนั้นอาหารดังกล่าวได้ผ่านกระบวนการย่อย และถูกย่อยสลายในระดับหนึ่งโดยจุลินทรีย์ในลำไส้ ดังนั้น มูลสัตว์จึงมีธาตุอาหารทั้งหลักและรอง และรวมถึงธาตุอาหารเสริมบางชนิดอีกด้วย สิ่งสำคัญอีกอย่างหนึ่ง ในการใช้งานปุ๋ยคอกอย่างไม่ถูกต้องคือ การใช้มูลสัตว์สด ๆ ใส่พืช เพราะมูลสดจะมีการปล่อยก๊าซแอมโมเนียและก๊าซมีเทนในระดับที่สูง ซึ่งเป็นอันตรายต่อรากของพืช ทำให้รากเน่า นอกจากนี้ หากเรานำมูลสัตว์บางชนิดไปตากแดดให้แห้ง “แบบนานเกินไป” แล้วค่อยนำมาใช้ มูลดังกล่าวจะกลายเป็นของแข็งที่ย่อยสลายได้ยากมาก ดังนั้น วิธีที่ดีที่สุดในการใช้ปุ๋ยคอกมูลสัตว์ก็คือ การนำเอามูลสัตว์ไปผ่านกรรมวิธีหมักปุ๋ยสูตรชีวภาพ โดยสูตรหมักปุ๋ยนั้นมีมากมายหลายสูตรด้วยกัน แต่วิธีหมักที่ได้รับความนิยมที่สุด คือการหมักด้วยหัวเชื้อจุลินทรีย์ โดยบดหรือป่นมูลสัตว์ที่แห้งพอหมาด แล้วนำไปผสมกับหัวเชื้อจุลินทรีย์ จากนั้นนำมาปั้นผสมกับซิลิก้า (ซิลิก้า ในวงการเกษตร หมายถึง ธาตุอาหารพืชที่อยู่ในหมวดธาตุเสริม โดยพืชจะดูดกินนำไปใช้ได้) ซึ่งซิลิก้าตัวนี้สามารถช่วยสร้างภูมิคุ้มกันให้แก่พืช อีกทั้งยังสร้างความแข็งแกร่งให้กับผนังเซลล์ รวมถึงช่วยลดการเข้าทำลายของโรค แมลง รา หรือไร ได้อย่างมีประสิทธิภาพอีกด้วย กลายเป็นปุ๋ยคอกชีวภาพแบบเม็ดที่สามารถนำไปใช้งานได้อย่างสะดวก และมีประสิทธิภาพสูงนั่นอง
ข้อดีของปุ๋ยคอก ก็คือ นอกจากจะให้ธาตุอาหารหลักแก่พืชแล้ว ยังช่วยปรับปรุงสภาพดินไปในตัว ด้วยธาตุอาหารแสริมต่างๆ เช่น แมกนีเซียม กำมะถัน แมงกานีส สังกะสี ทองแดง โบรอน และโมลินเดน ซึ่งธาตุอาหารเสริมดังกล่าว ก็จะมีปริมาณมากน้อยไม่เท่ากัน แล้วแต่ชนิดของมูลสัตว์ แต่สำหรับข้อเสียของปุ๋ยคอก ก็คือ ในมูลสัตว์แต่ละชนิด มีธาตุอาหารหลักน้อย หากเทียบกับปุ๋ยเคมี ที่สามารถผสมธาตุอาหารหลักได้ด้วยเทคนิควิธีที่ทันสมัย
ดังนั้น เราจำเป็นจะต้องพิจารณาถึงความต้องการของพืช และพิจารณาถึงสภาพของดิน แล้วจึงมาพิจารณาถึงปุ๋ยคอกมูลสัตว์ที่จะใช้ เราไม่จำเป็นต้องเลือกใช้มูลสัตว์เพียงชนิดเดียวก็ได้ เราสามารถใช้มูลสัตว์หลายชนิดรวมกัน เพื่อให้ได้ธาตุอาหารที่สมบูรณ์ที่สุด ไม่ใช่เห็นเขาว่ามูลไก่มีธาตุอาหารมากที่สุด ก็เลยใช้แต่มูลไก่ อันนี้เราอาจจะต้องคิดใหม่ เพราะมูลไก่มีธาตุอาหารหลักสูงเพียงไนโตรเจนเท่านั้น แต่ถ้าเราจะลองเอามูลไก่มาหมักผสมกับมูลค้างคาว ที่มีปริมาณธาตุฟอสฟอรัสที่สูงมาก เราก็จะได้ปุ๋ยคอกที่มีประสิทธิภาพไม่แพ้ปุ๋ยเคมีสูตร 15 -15 -15 เลยทีเดียว

